Torre San Giovanni ha una storia antica. Tutto lascia ipotizzare che questo porto abbia rivestito una certa importanza strategica sin dai tempi della messapica cittadina di Ozan (antico nome di Ugento). Questo è attestato dalla presenza di alcuni resti archeologici di una parte di mura messapiche, inserite proprio ai piedi della torre che dà il nome alla zona, riconducibili  al 500 a.c..
A partire dal secondo secolo a.c., sotto dominazione romana, il porto venne sicuramente  utilizzato anche come “scalo” militare, assumendo un inportante ruolo nelle campagne di guerra che sistematicamente diversificavano la morfologia di questo territorio. Nella zona antistante alle mura messapiche sono stati ritrovati anche dei resti di un’ installazione abitativa romana, il che conferma l’importanza del distretto di questo tratto di  costa.
Tra alternate vicende, il territorio di Torre San Giovanni si trovò ad essere abbandonato dalla popolazione al comparire del flagello della malaria. Fattori geografici e climatici, infatti, permisero la nascita di estese zone paludose, che non tardarono ad essere infestate dalla zanzara anofele e quindi convinsero gli abitanti a spostarsi verso l’entroterra. Questa situazione di allontanamento si protrasse fino alla metà del XX secolo quando, in seguito alla bonifica e al recupero dei territori attuata dal governo fascista, il piccolo paese tornò a popolarsi, in principio solo dai pescatori che ormeggiavano la propria barca al porto (le case costruite nelle immediate vicinanze dell’approdo risultano infatti essere le più “datate”).
Risale poi agli anni settanta l’inizio dell’interesse dal punto di vista turistico, e la conseguente costruzione di ville, alberghi e villaggi, fino all’epoca attuale, che vede Torre San Giovanni una località di vacanza, grazie alle tante soluzioni di affitti disponibili, indicata nei cataloghi di tutti i tour operator e ai primi posti per quanto riguarda la ricettività e l’offerta di posti letto tra tutte le località balneari del Salento.